明治時代になり、日本鉄道会社による鉄道開設が始まった。東北線は、明治20年（1887）7月に黒磯―白河間が開通し、同24年（1891）9月に黒田原駅が現在の那須町役場前に開業した。現在の相生町1や本町1の北側の地域のほとんどが駅構内であり、この時期に芦野をはじめ多くの人々が移り住み、薪炭業、運送業などを開業し、駅前には集落ができた。

しかし大正4年（1915）4月に、急勾配であり曲線が多いという理由から黒磯―白河間の路線変更工事が行われ、同9年（1920）には黒田原駅が開設し、その後昭和に入って、若干移転し現在の地へ移転した。現在の駅舎は昭和15年（1940）に建てられたもので、その後、増改築が行われたようだが、詳細は不明である。

なお、旧黒田原駅舎は、明治24年から大正9年までの約30年間を駅舎として人々の荷物や乗り降りを見守り、駅の移転によりその役割を終えた後は、払い下げになり煙草専売所の事務所や住宅として利用されてきた。その後、昭和50年代には町の第2民俗資料館として再生したが、老朽化が進み、平成12年3月解体された。現在は屋根瓦と写真が残るのみである。